Poborský được chọn vào đội tuyển quốc gia lần đầu, trong trận đấu với đội tuyển quốc gia Thổ Nhĩ Kỳ ngày 23.2.1994, đây cũng là trận đầu tiên của đội tuyển Cộng hòa Séc sau khi chia đôi với Slovakia. Anh chơi cho đội tuyển quốc gia trong các Euro 1996, Euro 2000, và Euro 2004. Anh cũng chơi cho đội tuyển quốc gia trong Giải vô địch bóng đá thế giới 2006 (World Cup 2006), sau đó anh rút khỏi đấu trường quốc tế.

Sau khi ngưng chơi cho Câu lạc bộ từ năm 2007, Poborský bắt đầu làm trưởng ban kỹ thuật cho đội tuyển quốc gia.

Cú lốp bóng của Poborský

Tên của Poborský thường gắn liền với lối chơi của anh ta trong Euro 96, nơi trong trận tứ kết đấu với đội tuyển Bồ Đào Nha, anh đã khoèo lấy bóng và lốp bóng qua thủ môn Vítor Baía đang lao ra. Bàn thắng này trở thành cú sút tiêu biểu cho Poborský, nên kiểu lốp bóng này được gọi là kiểu của Poborský.

Năm 2008, trong cuộc bầu chọn bàn thắng trong ngày do hãng bia Carlsberg tài trợ, bàn thắng đó đã được bầu chọn là bàn thắng đẹp nhất trên Euro2008.com.[1] Khi còn chơi ở đội Câu lạc bộ Benfica, Poborský cũng đã ghi một bàn thắng tương tự vào lưới đội FC Porto (lần đó cũng chính Vítor Baía làm thủ môn).